Nói cơ bản, thuật được chia làm ba nhóm: ảo thuật, nhẫn thuật, và thể thuật. Nhẫn thuật còn có 2 nhóm nhỏ: thuật phong ấn và thuật chú ấn, là những thuật để tạo ra ấn với nhiều mục đích khác nhau. Còn có cả tiên thuật sử dụng cả ba loại năng lượng, năng lượng tinh thần và cơ thể của ninja cùng năng lượng tự nhiên, và kết quả là thuật của ninja còn mạnh hơn khi tạo ra nó bằng cách thông thường như Nhẫn thuật. Còn có khả năng huyết kế giới hạn. Đây thực sự thì không phải là thuật, mà là khả năng di truyền chỉ có thể sở hữu bởi một bộ tộc nhất định.

Dựa trên độ khó hay kĩ năng cần thiết để thực hiện thuật, chúng sẽ được xếp hạng khác nhau. Có tổng cộng 6 hạng (từ E đến S), ngoài 2 hạng cho trường hợp ngoại lệ. Thứ hạng thuật không có nghĩa là nó sẽ hiệu quả hơn một thuật hạng thấp hơn, mà chỉ có nghĩa là khó thực hiện hơn. Sự hiệu quả chủ yếu dựa vào kỹ thuật cá nhân. Hai thứ hạng ngoại lệ là "bí thuật"–秘伝|hiden và "cấm thuật"–禁術|kinjutsu. Bí thuật được truyền dạy từ thế hệ này sang thế hệ khác trong một bộ tộc. Những thuật này không được xếp hạng vì không ai ngoài bộ tộc biết dùng chúng.[12] Thuật dựa trên Huyết kế Giới hạn cũng rơi vào hạng này. Mặt khác, cấm thuật có rơi vào một trong 6 hạng chính, nhưng lại là ngoại lệ vì chúng bị cấm không được học hay thực hiện. Một thuật có thể xếp vào hạng cấm nếu nó gây hại đến người dùng, như mở Bát Môn, hay chúng hắc ám và độc ác, như của Orochimaru.

Chú ấn thuật

Chú ấn thuật–呪印術|juin jutsu là thuật sử dụng một loại "chú ấn" đặc biệt để khiến ai đó chịu sự điều khiển của người dùng hay khơi dậy tác dụng dị thường trong người bị ảnh hưởng. Chúng có thể dùng để gây đau đớn (gồm cả cái chết nếu sự đau đớn kéo dài lâu) hay kích hoạt nhiều sự biến hình khác nhau cho người bị ảnh hưởng,như của Orochimaru vậy.[12]

Ảo thuật

Ảo thuật–幻術|genjutsu là những thuật sử dụng chakra trong hệ thần kinh của đối thủ để tạo ra ảo giác; về cơ bản được coi là nhẫn thuật cao cấp về trí óc. Những người có khả năng đặc biệt như Tả Luân Nhãn của bộ tộc Uchiha hay những người có trí thông minh cao sẽ dễ dàng thực hiện và chống trả ảo thuật hơn, vì sự cảnh giác là mấu chốt. Kiểu ảo thuật phổ biến nhất là tạo ra ảo ảnh thông thường – khiến cho đối thủ nghe, thấy, ngửi, nếm, và/hay cảm giác những thứ không thực sự ở đó để có thể điều khiển chúng. Nói cách khác, ảo thuật ảnh hưởng đến 5 giác quan, tuy nhiên những ứng dụng khác của ảo thuật còn tồn tại. Những người chịu ảnh hưởng của ảo thuật sẽ bị tê liệt tại chỗ hay mất tỉnh táo, tùy thuộc vào việc họ có khả năng nhận diện và chống lại chúng như thế nào.[13]

Có vài cách để chống ảo thuật. Bởi vì nó sử dụng chính chakra của đối thủ, đối thủ có thể hóa giải ảo thuật bằng cách phá vỡ dòng chảy chakra của chính họ. Việc này gọi là Ảo thuật Giải|幻術解|Genjutsu Kai. Ngoài ra, nếu họ thất bại trong việc giải ảo thuật, sự đau đớn nhức nhối (tuy nhiên nó phải không được tạo ra bởi ảo thuật) có thể khiến họ thoát khỏi nó. Một người khác có thể phá vỡ dòng chảy chakra cho họ bằng cách truyền chakra của chính người đó vào cơ thể họ. Cuối cùng, nếu đồng đội của nạn nhân tấn công kẻ niệm ảo thuật, thuật sẽ bị hóa giải và nạn nhân được giải thoát.

Huyết kế giới hạn

Huyết kế Giới hạn–血継限界|Kekkai Genkai là những khả năng được di truyền trong một bộ tộc nhất định. Hầu hết bộ tộc đều sáng chế ra loại thuật đặc biệt liên quan đến huyết kế giới hạn của họ và thuật đó không thể được dạy hay sao chép bởi người khác, vì chúng cần đặc điểm di truyền nhất định. Khả năng huyết kế giới hạn mà hoạt động qua đôi mắt gọi là đồng thuật–瞳術|dōjutsu, ví dụ như Bạch Nhãn, Tả Luân Nhãn, và Luân Hồi Nhãn.[13] Huyết kế giới hạn khác, như khả năng về Mộc Độn của Hokage Đệ Nhất và Yamato, Băng thuật của Haku được sáng tạo theo sự kết hợp của hai yếu tố chakra riêng biệt(nước và gió)

Nhẫn thuật

Nhẫn thuật–忍術|ninjutsu là một khái niệm mơ hồ chỉ đến hầu như bất kỳ thuật nào sử dụng chakra và khiến họ có thể làm những việc phi thường. Dạng nhẫn thuật cổ xưa nhất được cho là do người sở hữu Luân Hồi Nhãn đầu tiên là Lục đạo Tiên nhân sáng tạo ra. Không như ảo thuật, tác dụng của nhẫn thuật đều là thực. Nhẫn thuật cần chakra và, hầu như mọi lúc, thủ ấn (mỗi thủ ấn là một giáp khác nhau trong hoàng đạo Trung Quốc) để hoạt động. Đôi tay được theo những vị trí trong một chuỗi nhờ đó hình thành chakra đúng cách để thực hiện thuật. Dù sao chúng cũng không phải là luôn luôn cần thiết và một vài loại thuật đơn giản có vẻ như đã trở thành bản năng thứ hai của các ninja kinh nghiệm khi họ có thể thực hiện chúng bằng ý chí. Hơn nữa, vài thuật có thể được xếp vào loại tố thuật khi chúng sử dụng một yếu tố nhất định: thổ–土遁|Doton, lôi–雷遁|Raiton, hỏa–火遁|Katon, phong–風遁|Fūton, thủy–水遁|Suiton. Cụm từ "Nhẫn Pháp" (忍法–Ninpō) thường được thêm vào đầu bất kỳ một thuật nào khác tố thuật.[13]

Phong ấn thuật

Phong ấn thuật–封印術|Fūin jutsu là một thuật để phong ấn một thứ gì đó vào trong một vật thể hay cơ thể sống. Ứng dụng phổ biến nhất của thuật này là phong ấn vũ khí hay vật thể khác vào trong những ống cuộn để mang một số lượng lớn đồ vật theo một cách tiện lợi. Phong ấn thuật cũng được dùng để ngăn cấm sự tiếp cận với một vật thể nào đó, như chakra hay lối vào một tòa nhà.[12] Những ứng dụng khác là cắt đứt mối liên hệ giữa đồng thuật và vĩ thú (không cho người sử dụng đồng thuật quyền kiểm soát vĩ thú), ngăn chặn hoặc quấy nhiễu các dòng chakra 五行封印 (Gogyō Fūin) - (Ngũ Hành Phong Ấn) hoặc nguy hiểm hơn là phong ấn hoàn toàn các vĩ thú thông qua các jinchuuriki 幻龍九封尽 - (Genryū Kyū Fūjin): Huyễn Long Cửu Phong Tận.

Tiên thuật–仙術|senjutsu chỉ đến việc sử dụng chakra được tạo từ năng lượng tinh thần và cơ thể bên trong một Ninja (Nhẫn Giả) kết hợp với năng lượng tự nhiên. Kết quả là đòn tấn công vật lý và thuật được gia tăng sức mạnh đáng kể. Có vẻ như chúng bắt nguồn từ ba nơi, chỉ có ba nơi đó là được truyền thừa đầy đủ và chính xác nhất, ba nơi đó là: Diệu Mộc Sơn - 妙木山 (Myōbokuzan) của tộc Cóc, Long Địa Động - 龍地洞 (Ryūchidō) của tộc Xà và Thấp Cốt Lâm - 濕骨林 (Shikkotsurin) của tộc Sên. Trong truyện thì Jiraiya (một trong Tam Nhẫn Huyền thoại), Hokage Đệ Tứ Minato Namikaze và Naruto đã sử dụng tiên thuật của tộc Cóc, còn Gamakichi là nhân vật duy nhất thân thuộc với nó. Hokage đệ nhất sử dụng tiên thuật mộc độn để giao chiến với Uchiha Madara của tộc Uchiha Còn có Kabuto sử dụng tiên thuật của tộc Xà khi hắn tìm thấy thông tin về Long Địa Động sau khi Orochimaru bị phong ấn.

Để luyện tập cách tích chakra tiên thuật, người dùng phải mất một thời gian khá dài để tĩnh tâm, điều khiển và hấp thụ dòng chảy chakra tiên thuật một cách tập trung, liên tục và cân đối. Nếu tích quá nhiều sẽ trở thành giống như cóc và hóa đá. Bình thường, Naruto sẽ sử dụng các ảnh phân thân của mình tích lũy năng lượng, để khi xong sẽ giải thuật và nhanh chóng được bổ sung chakra tiên thuật, phục vụ cho mục đích chiến đấu lâu dài.

Thể thuận

Thể thuận–体術|taijutsu chỉ đến bất kỳ thuật nào có võ thuật hay hoàn thiện khả năng tự nhiên của con người. Nói cách khác, thể thuật được thực hiện bằng cách sử dụng trực tiếp thể lực của người dùng, chứ không chuyển thể lực sang chakra để thực hiện nhẫn thuận hay ảo thuận, nghĩa là thể thuận có thể được thực hiện nhanh hơn nhẫn thuật và ảo thuật (dù vậy không phải lúc nào cũng mạnh bằng). Trong vài trường hợp, chakra được dùng để tiếp sức cho thuật, điển hình là trong thế võ Nhu quyền của bộ tộc Hyuga khi người dùng phóng một lượng nhỏ chakra vào cơ thể người đó để tấn công hệ chakra hay điểm chakra, và với Tsunade cùng Sakura họ lại kết hợp chakra vào đòn tấn công để gia tăng sức mạnh. Nói tóm lược, hầu hết người sử dụng thể thuận ít khi dùng đến chakra, như Rock Lee và Might Guy.[13]